만일 어떤 연구자 A가 다른 연구자 B의 논문에 있는 "독창적인 표현"이나 "고유한 연구 내용"을 가져다가 마치 자신의 것처럼 하였다면 “연구윤리 확보를 위한 지침”에 규정된 ‘표절’에도 해당하고, “저작권법”에서 규정한 저작권 침해에도 해당한다. 그런데 타인의 독창적인 아이디어를 적절하게 출처를 밝히지 않고 자신의 것처럼 이용하는 경우, 표절에는 해당하지만 저작권 침해에는 해당하지 않는다. 그러므로 학술적 글쓱기에서 동시에 표절과 저작권 침해가 성립하려면 타인의 독창적인 저작물을 마치 자신의 것처럼 무단으로 이용할 때이다. “저작권법” 제4조 1항에 ‘논문’도 이 법률의 적용 대상으로 명시되어 있다. 따라서 피해자 A는 가해자 B를 연구윤리(진실성)위원회에 고발할 수도 있고, 법원에 고소할 수도 있다. 다만 연구윤리 측면에서는 법률 분쟁으로 가기 이전에 연구 공동체 안에서 자율적으로 문제를 해결하는 것을 이상으로 삼는다. 또한 학술 논문이 큰 경제적 가치를 가지기 어려운 경우, 이 문제를 법원을 통해 해결하는 것은 연구자 A에게도 큰 실익이 없으므로 법원에까지 가지 않을 뿐이다. 물론 연구자 A, B가 연구윤리(진실성)위원회를 통해 만족할만한 분쟁 해결을 얻어내지 못한다면 법원에 제소할 권리가 있다.

표절은 성립하지만 저작권 침해는 아니다. “연구윤리 확보를 위한 지침” 제12조 1항 3호는 “타인의 독창적인 아이디어”도 “적절한 출처표시 없이 활용함으로써, 제3자에게 자신의 창작물인 것처럼 인식하게 하는 행위”를 ‘표절’이라고 정의하고 있다. 그러나 “저작권법”은 제2조 1호에서 “저작물은 인간의 사상 또는 감정을 표현한 창작물”이라고 규정함으로써 ‘표현’에 중점을 두고 있다. 이것을 ‘아이디어-표현 2분론’이라고 한다. 그렇기 때문에 아이디어 표절은 연구부정행위에는 해당하지만, 법률상의 저작권 침해는 아니다. 그러나 과학기술과 관련된 “특허법”이나 미술 디자인과 관련된 “실용신안법”에서는 ‘기술적 사상’이라는 명칭으로 독창적인 아이디어도 보호대상으로 보고 있다.

헌법, 법률, 고시 등과 같은 법령, 법원의 판결, 정부기관 및 지방자치단체 등이 발간한 공공 저작물은 저작권의 제한 없이 자유롭게 이용할 수 있다(“저작권법” 제7조 보호받지 못하는 저작물, 제24조의2 공공저작물의 자유이용). 그러나 ‘표절’의 중요한 판단 기준은 타인의 저작물을 “마치 자신의 창작물인 것처럼” 독자들을 속인다는 데 있다. 공공 저작물 내용을 베껴서 이용하는 것은 저작권 침해는 아니지만 이를 마치 자신의 것처럼 이용한다면 표절이라는 연구부정행위에는 해당한다.

저작권이 소멸된 저작물을 베껴도 저작권 침해는 발생하지 않는다. 저작권은 과거에는 ‘저작자 사망 후 50년’이었으나, 2013년부터는 ‘저작자 사망 후 70년’으로 연장되었다. 따라서 1962년 이내에 사망한 저작자의 저작권은 소멸되었다. 그러나 학술적 글쓰기에서의 ‘표절’은 다른 문제이다. 표절은 원저자의 명예와 인격을 침해하는 행위이며, 또한 “마치 자신의 창작물인 것처럼” 독자들을 속임으로써 자신의 명예와 인격을 떨어뜨리는 행위이기도 하다. 연구자 이순신이 오래 전에 사망하여 그의 저작권이 소멸했더라도, 연구자 홍길동이 이순신의 독창적이고 고유한 문장을 무단으로 베껴서 이용하는 행위는 원저자 이순신의 명예와 인격을 침해하며, 홍길동 또한 독자들을 속이는 부정행위를 저지르는 것이다. 따라서 저작권이 소멸된 저작물을 대상으로 하는 표절도 여전히 연구부정행위이다.

경우에 따라 다르다. 1962년 이내에 사망한 저작자의 저작권은 소멸되었으므로 누구나 자유롭게 이용해도 저작권 침해는 아니라고 할 수 있다. 그러나 이것은 원저자의 원저작물에만 해당한다. 예를 들어, 플라톤은 고대의 인물이므로 플라톤 자신의 저작권은 전혀 남아 있지 않다. 그러나 대한민국 연구자가 플라톤의 저작물을 이용할 경우에는 영어판이든 독일어판이든 한글판이든 번역된 판본을 이용하는 경우가 대부분일 것이다. 이 경우에는 그 번역판의 번역자와 출판사에 새로운 저작권이 발생하므로, 저작권 기한을 다시 계산해야 한다. 따라서 아직 저작권 기한이 남아 있는 고전 문헌 번역본을 연구자가 학술 논문에서 출처표시를 하면서 짧은 분량을 인용하는 것은 문제가 없지만(“저작권법” 제28조 공표된 저작물의 이용), 대학에서 강의 교재로 쓰기 위해 대량 복사한다거나, 매우 긴 분량으로 인용하는 행위는 모두 번역자와 번역본 출판사의 저작권을 침해하는 행위에 해당한다. 만약 연구자가 ‘원문’(original text)을 직접 읽고 스스로 번역하여 이용한다면 이것은 저작권 침해가 아니다.

연구자가 논문을 쓰면 일단 연구자 자신에게 저작권이 발생한다. 그러나 논문을 발표하기 위해 학회에 원고를 투고하면 저작권 중 일부가 학회에 양도된다. 과거에는 이것이 명확하지 않았으나, 오늘날에는 연구자가 원고를 투고할 때 “학회에 저작권을 양도하는 데 동의한다”는 계약서를 함께 제출하는 것이 일반적인 관행으로 자리 잡고 있다. 저작권은 하나의 권리가 아니라 여러 가지 권리들이 함께 존재하는 ‘권리의 다발’이다. 연구자는 학회 저널을 통하지 않고서는 정당하게 평가받는 논문을 발표할 수 없고, 학회는 시간과 비용을 들여 심사와 출판을 하므로, 연구자의 저작권 중 일부를 학회에 양도하는 계약을 맺는 것이다. ‘성명표시권’(연구자가 논문에 자기 이름을 표시할 권리)와 ‘동일성유지권’(논문의 제목과 내용을 타인이 임의로 변경하지 못하게 할 권리) 등은 계속 연구자가 보유하며, ‘복제권’, ‘배포권’, ‘출판권’ 등은 학회가 보유한다. 학회가 출판한 논문은 ‘DBpia’, ‘Kstudy’ 등과 같은 논문 검색 전문 사이트에도 제공되며, 독자가 논문을 구독할 경우 그 이용 수수료가 일정한 비율에 따라 연구자, 학회, 논문 사이트 등에 분배된다. 연구자들은 소속된 대학 등에서 논문 사이트를 이용해 무료로 논문을 구독할 수 있으나, 이것은 대학 등이 논문 사이트에 이용 수수료를 대납해주는 것이지, 결코 논문 사이트에서 제공하는 논문 자체가 무료인 것은 아니다.

연구자는 A학회에서 논문을 발표할 때, 저작권의 일부를 A학회에 양도한 것이다. 따라서 그 논문은 A학회의 재산이 되며, A학회는 보유한 논문 자산들을 독자들에게(대개 논문검색 전문 사이트를 통해) 유료로 제공함으로써 경제적 이익을 얻는다. 따라서 만약 연구자가 자신이 쓴 논문이라도 그것과 동일하거나 유사한 내용을 다른 학회에서 발표하고자 하거나, 단행본으로 출판하고자 할 경우에는, 원래 논문을 발표한 학회로부터 동의를 받아야 한다. 만약 이 절차를 거치지 않고 이 행위들을 할 경우에는 학회가 보유한 저작권을 침해하고, 그 논문을 이용하여 학회가 얻을 수 있는 경제적 이익을 훼손하는 결과를 발생시킨다.

많은 학회는 A학회 행사에서 프로시딩 발표한 내용을 B학회 저널에서 논문으로 발표하더라도 문제삼지 않는 관행을 가지고 있다. 그러나 엄밀히 말한다면 발표자(연구자)는 프로시딩 발표한 내용의 저작권을 발표 기회를 준 해당 학회와 공유하게 된다. 요즘 거의 모든 학회는 행사의 모든 발표를 녹음, 녹화하여 이 또한 학회 자체의 지적 재산으로 보유하고 있다. 따라서 동일하거나 유사한 내용을 다른 학회 저널에서 논문으로 발표할 경우, 원래 프로시딩 발표한 학회의 저작권과 경제적 이익을 침해할 수 있다. 따라서 원래 발표한 학회의 사전 동의(향후 발생할 경제적 이익 분배에 대한 합의 포함)를 얻은 후에, 저널 논문의 출판을 진행하는 것이 잠재적인 분쟁을 예방하는 데 도움을 줄 수 있다.

연구보고서의 데이터를 재활용하여 강의 동영상으로 제작할 경우, 그 데이터의 저작권도 또한 연구과제 발주자에게 있다. 따라서 연구보고서를 저널 논문으로 발표할 경우와 마찬가지로, 연구과제를 발주한 연구재단의 사전 동의를 받는 협약이 필요하다. 오늘날 인터넷 강의 동영상은 그 조회 수에 따라 경제적 이익이 창출되므로, 그 이익에 대한 분배 계약도 필요하다.

연구자가 학회 저널에 논문을 발표할 경우, 그 논문의 저작권은 해당 학회와 공유하게 된다. 따라서 그 논문의 내용을 재활용하여 2차 창작물을 만들고. 인터넷에 올릴 경우에는 해당 학회로부터 연구성과물 재활용에 관한 사전 동의를 받아야 한다. 또한 제작된 동영상을 인터넷에 올렸을 때 중간광고 유치, 조회 수 증가에 따른 수익금 지급 등과 같이 그로 인해 경제적 이익이 창출된다면 그 이익을 해당 학회 및 2차 창작물 제작을 지원한 기관과 어떻게 공유할 것인지도 사전 협의에 포함되어야 한다.